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定量PCR实验的内参选择

发表时间:2024-04-23 11:42

基因学是一个相当新且不断扩展的领域。每天都有新的研究和结果被发表。在癌症预后中,检测基因表达率有助于准确的预后和确定**治疗方案。这些基因测试需要一个内参基因作为控制参数才能准确测量基因表达率。目前,感兴趣基因具体的表达率是基于与内参基因的相对表达进行标准化的。这些内部标准需要在不同的组织中有一致地表达率。。由于它们在维持细胞功能中的作用,它们总是在所有细胞和组织群中表达,因此家政基因是作为内参基因很好的选择。在理论上,家政基因极适合作为内参基因。


许多实验在寻找家政基因和进行测试这些内参基因的有效性。目前,最常用的内参基因是GAPDHACTB。大多数研究人员和实验室使用这些参考基因作为对照,并假设它们在组织间表达相同。这样的设想行得通吗?


首先,我们来看看GAPDH作为内参基因的表现。3-磷酸甘油醛脱氢酶是糖酵解过程中的一种反应酶,也在几乎所有的组织和细胞中均有表达。在糖酵解过程中起着不可或缺的作用,是细胞代谢途径中不可缺少的基因。一般来说,大多数科学家都赞同GAPDH在不同细胞群之间有标准化的表达。GAPDH作为标准内参考基因已在不同的基因检测中得到应用。一项研究分析了72个不同的人体组织中的GAPDH-mRNA,结果表明,GAPDH的表达率在有的组织间差距高达15倍。尽管组织类型之间存在巨大差异,但年龄和性别之间没有观察到差异。这意味着GAPDH在不同人群的组织特异性试验中发挥了良好的作用,但在跨组织研究中却不起作用。


因此,在决定内参基因时,我们建议仔细考虑基于被研究组织类型的基因。如果只研究一个组织群,我们建议参考基因的选择要针对该区域。


意大利的实验室在这一方面做了比较透彻的调查。在对不同人体组织的样本进行了深入研究,每个系统的**内参基因如下所示。

1.png

以上的表显示在所有组织中,最适合作为内参基因是以上的八种基因。


此外,这组的实验也寻出在不同人体组织中最适合作为内参的基因,结果在以下的表显示。


2.png3.png4.png5.png6.png7.png



研究表明,不同的环境因素会影响收集数据的质量。从提取到快速冷冻所经过的时间,或者组织是否发炎,甚至组织采集对象的健康状况都会影响基因表达。不同的家政基因更适合不同的实验,我们建议你不要只选择一个基因进行所有的基因测试,而是仔细考虑哪一个基因最适合你的需要。关于内参基因的信息在不断地更新,昨天找到的消息不一定是最准确的。我们XYBiotech(杏园)在努力寻找最新与准确的资料。因此,我们建议,即使在选择了一个参考基因之后,对质量数据进行仔细的规划仍然是必要的。


希望我们的工作能为您选择用于PCR的参考控制基因提供帮助。如果感兴趣,请随意参考其余关于内参基因的论文。




参考论文

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TRAM (Transcriptome Mapper): database-driven creation and analysisof transcriptome maps from multiple sources. 2011.

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ButteAJ, et al. Further Defining housekeeping, or “maintenance,” genes Focus on “Acompendium of gene expression in normal human tissues”. 2001 Dec

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